（一）单位内设机构及其主要职责
根据上述职责，交通局设置办公室、运输管理科、公路科、计财科四个职能科室。
（二）主要职责
1、办公室职责
负责局机关的综合协调、公文处理、秘书事务、信访督查、机关保密、外事接待，内保和综合治理等工作；组织制定局机关规章制度，起草局重要报告及综合性文件，负责有关重要会议的组织工作。负责交通战备指挥工作，后勤、车辆的管理及保障作用。负责局公章、机关办公用品的管理。完成局党委、局领导交办的其他工作。

2、运输管理科职责
负责交通行业管理工作。根据上级的有关政策和规章，拟定贯彻落实措施和办法，指导交通行业体制改革和企业管理，帮助和指导局属企业进行改革和改制工作。负责行政执法的监督检查。负责运输市场、维修市场、客货服务市场管理和协调工作。负责交通运输安全工作和行业的统计工作。指导驾驶员培训和驾校管理工作。培育和管理交通运输市场和交通基础设施建设市场。完成局领导交办的其他工作。

3、公路科职责
制定和实施垦区县乡道路发展规划和年度计划。负责垦区道路新建、扩建和修缮工程项目的立项及施工工作。参与扩初设计和竣工验收，协调落实工程项目资金，负责垦区县乡道路基础设施项目、建设、技术改造工作及养护管理工作，实施路政管理，完成局领导交办的其他工作。

4、计财科职责
执行国家、自治区及师市的财经政策、法规。负责各种规费的管理和使用，负责公路建设固定资产、计划的编报下达，并检查、监督计划落实情况。负责交通系统财务管理及路政、装卸搬运的财务工作。负责指导、监督、检查局属企事业单位资产经营合同中财务指标的执行和完成情况，以及内部审计工作。完成局领导交办的其他工作。
农八师交通局、石河子市交通局列行政编制20名，其中：局级领导职数4名（含纪委书记），科室领导职数6名。